訳あって、MySQLのsocketの位置を、/var/lib/mysql/mysql.sockから/tmp/mysql.sockに変更しました。
emacsのsql-mysqlで、mysqlに接続しているのですが、MySQLのsocketの位置を正しく認識してくれない状況になりました。
(もともとemacsのsql-mysqlで接続するために、ソケットの位置を/var/lib/mysql/mysql.sockにしていたのですが・・・)
.emacsに次を記述したところ、接続できました。
(setq sql-mysql-options '("--socket=/tmp/mysql.sock"))